黑帽悬猴(Cebus apella)线粒体基因组全序列分析和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)群体遗传学研究
The Complete Mitochondrial Genome Sequence of the Black-capped Capuchin (Cebus apella)and Genetic Diversity of Ruditapes philippinarum
1黑帽悬猴(Cebus apella)线粒体基因组全序列分析灵长类系统发育关系一直以来被广泛关注,但依然存在分歧.目前只公布了46种灵长类线粒体基因组全序列,以线粒体基因组为标记研究灵长类系统进化,数据尚不充足.黑帽悬猴是世界珍稀物种,研究其线粒体基因组全序列有助于了解其遗传结构特征和系统进化地位,为物种和其遗传资源的保护提供理论依据.本文通过PCR扩增、测序和拼接技术首次获得取自昆明动物园的一只黑帽悬猴标本的线粒体基因组全序列.该线粒体基因组序列全长16,538bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个控制区,其中有8个tRNA基因和1个蛋白基因由L链编码,其余均由H链编码.线粒体基因组中AT含量(60.6%)明显高于CG含量(39.4%);控制区含有CSB-F、TAS等保守序列区;在蛋白质编码基因中,COII基因的非同义突变和同义突变的比率较低,而ATP8和ND4比率较高.依据阔鼻下目(Platyrrhini)6个物种的线粒体基因组全序列,用最大似然法和贝叶斯法分别构建系统进化树,均显示狐尾猴科(Pitheciidae)分歧最早,悬猴科(Cebidae)与蜘蛛猴科(Atelidae)聚为一支后再与狐尾猴科聚类;在悬猴科中,悬猴亚科(Cebinae)与夜猴亚科(Aotinae)为姐妹种关系,这与近期分子系统发育研究得出的结论一致.我们的结果为灵长类系统发育研究提供了线粒体基因组序列数据,并证明了序列信息在系统发育研究中的有效性.2菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)群体遗传学研究为了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况,采用PCR技术对9个地理群体的线粒体细胞色素c氧化酶第一亚基(COI基因)和核糖体内转录间隔区1(ITS-1基因)片段分别进行扩增和序列分析.246个样本均得到684bp的COI基因序列,共定义了140个单倍型,检测到141个变异位点.200个样本均得到488bp的ITS-1基因序列,共定义了98个单倍型,检测到394个变异位点.各群体的单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低.利用AMOVA (Analysis of molecular variance)对遗传分化情况进行了分析,种群内占98%以上,群体间遗传分化指数(FST)<0.01,种群分化不显著.用贝叶斯法(Bayes)构建的单倍型系统进化树也显示不同地理种群的样本呈现散在分布,没有明显的种群分化.研究结果反映了菲律宾蛤仔的基因交流程度较高,海域隔离效应较弱.
- 作者：
- 毕晓欣
- 学位授予单位：
- 鲁东大学
- 专业名称：
- 细胞生物学
- 授予学位：
- 硕士
- 学位年度：
- 2012年
- 导师姓名：
- 黄玲
- 中图分类号：
- Q953
- 关键词：
- 线粒体基因组；黑帽悬猴；系统发育；菲律宾蛤仔；遗传多样性
- mitochondrial genome；Cebus apella；phylogenomics；Ruditapesphilippinarum；genetic diversity
- 基金项目：
- 国家自然科学